沈阳农业大学植物免疫研究所（前身植物免疫研究室）由吴友三教授等老一代植物病理学家1956年创建，隶属植物保护学院的集教学科研为一体的综合科研单位。经过半个世纪的风雨考验和几代人的共同建设，现在已成为我国小麦秆锈病的研究中心。植物免疫研究所现有研究人员12名，其中研究员和教授（博士生导师）4名，副研究员和副教授（硕士生导师）5名和讲师3名（其中具有博士学位人员9名）；拥有面积3公顷，包括植保学科楼实验室600平方米、作业室800平方米，温室600平方米和科学试验地1公顷；设有小麦病害、小麦抗病遗传育种、玉米病害、水稻病害、蔬菜病害防治、生物农药等研究方向和组织与细胞培养室和生物农药发酵车间；是辽宁省农作物病害免疫重点开放实验室的重要组成部分。
从上个世纪七十年代初以来，植物免疫研究所以小麦病害和玉米病害为研究目标，承担了国家小麦秆锈病防治，小麦白粉病防治、小麦抗病育种、玉米病害防治、农药残留、生物农药研制等省部级研究项目。曾获1978年中国科技大会奖，国家“三委一部”的多次奖励，获得农业部科技进步一等奖、三等奖和多项省、市、厅级科技进步一、二、三等奖。“十二五”开始，随着农业产业结构的调整，除保持传统优势项目外，拓展了小麦白粉病、玉米、水稻及设施作物病害、生物农药等领域，先后承担了国家（省）自然科学基金、国家重点研发计划、国家（省）科技攻关、国家重大科技专项、国家应急防治计划、国家博士点基金、国家863、农业部948引进项目及其他课题60余项，获国家级、省（部）级科技进步奖1项，培育出十多个小麦新品种。发表学术论文三百余篇（SCI收录55篇）。已培养博士后5名、博士研究生62名、硕士研究生186名及数百名本科毕业生。近年来获得辽宁省优秀博士论文1篇，多篇博士研究生、硕士研究生及本科生获得校级优秀论文奖励。邀请了二十多位来自美国、加拿大、英国、澳大利亚、墨西哥、荷兰、俄罗斯、日本、韩国的专家、教授来所讲学与合作研究。派出十多人次赴美国、加拿大、韩国、墨西哥、日本、丹麦、俄罗斯举行学术交流或做博士后研究。
当前全所科研人员瞄准国际植物病理学科研究前沿与国家农业生产结构的改变，团结一致、努力拼搏，继承传统、与时俱进，为适应学科的高速发展，创建崭新的教学科研平台而努力。
